Замена выхлопа позволяет лучше удалять выхлопные газы и способствует росту положительного давления в пиках. Естественно, наилучшим вариантом является доработка сразу и выпуска и впуска. Как сказали раньше можно поставить т. н. "нулевик" - фильтр нулевого сопротивления (бывают двух видов: в стандартную коробку и конусообразные, со вторым вариантом ресурс движка заметно сократится, т. к. автомобиль будет как большой пылесос).
Но намного эффективнее будет установка интеркуллера для охлаждения воздуха. Еще из школьного курса физики известно, что чем холоднее воздух, тем выше его плотность. Следовательно если дополнительно охладить воздух до попадания его в камеры сгорания, то мы получем больший объем воздуха.

Естественно эти изменения скорее всего стандартный компьютер (ECU, мозг) не способен будет обработать, т. к. чаще всего имеется ограничитель по бусту (макс. давлению воздуха). поэтому необходимо будет либо преобрести специальные приборы для обмана компьютера (напримем, e-manage ultimate), или покупать спортивный ECU.

Если же говорить о "дыхании" атмосферного двигателя, то и "прямотока" и "нуливика" пользы как с козла молока. Да, будет польза, но небольшая.